Nagi est une adolescente pessimiste qui ne cesse de rêver d'Upananta, un monde imaginaire où les poissons nagent dans le ciel, mais qui est menacé de destruction et qui vient de perdre son plus grand héros dragonnier.

Thaim est persuadé qu'Aktha est toujours en vie. Avec l'excentrique Saila, il se lance à la recherche d'Aktha et découvre un autre monde. De retour à Yokosuka, Nagi cherche à élucider le mystère de ses rêves. Elle fait une rencontre troublante en se rendant dans le studio encore intact de sa mère.

Nagi est stupéfaite de voir Thaim surgir de nulle part. Passée sa méfiance initiale et après avoir appris la raison de sa venue, elle part avec lui à la recherche d'Aktha. Malheureusement, une mauvaise surprise les attend.

Thaim finit par trouver Aktha, mais découvre que le grand héros n'est plus celui qu'il admirait. Ce dernier refuse même de rentrer avec lui pour sauver Upananta. Face au refus d'Aktha, Thaim provoque le puissant héros en duel.

Les secrets ne le restent pas éternellement. L'ultime effort de Saila pour sauver le monde révèle une vérité longtemps cachée sur Upananta. Mais certains secrets ne devraient jamais être révélés. Malheureusement pour Thaim, il vient d'en découvrir un bien plus grave.

Les retrouvailles touchantes de Nagi et de sa mère sont interrompues par un intrus maveillant. Poursuivis par l'agresseur, Thaim et Nagi se dirigent vers l'île où se cache Aktha.

Thaim est anéanti par le sacrifice de Nagi. Le cri de son dragon lui perce soudainement les oreilles, symbole d'un nouveau pouvoir. Pendant ce temps, la force maléfique d'Upananta commence sa transformation destructrice.

Les dragons d'Aktha et de Supes se livrent une bataille sans merci sous le commandement de Pytonpyt. Thaim et Aktha doivent se rendre à l'ancien KOTOWARI et découvrir sa vérité cachée pour arrêter l'invasion de Pytonpyt.