L'équipage de l'USS Voyager parvient à infiltrer la communauté Borg afin de la neutraliser. Mais la reine Borg veille et ne tarde pas à entrer en contact télépathique avec Tuvok pour stopper les plans du capitaine Janeway.
 

Les implants de Seven of Nine connaissent de graves dysfonctionnements. Seule une greffe d'implants d'un Borg vivant pourrait la sauver. Icheb, l'enfant Borg du vaisseau, se porte candidat mais l'opération est susceptible de les tuer tous les deux.
 

Paris et Kim s'apprêtent à participer à une course spatiale qui verra s'affronter quatre races en guerre. Cette compétition est censée être un premier pas vers la paix mais en coulisses, meurtres et sabotages se multiplient.
 

L'équipage de l'USS Voyager est victime de mystérieuses agressions. Tabor puis Yasa ont été attaqués et retrouvés inconscients. Tuvok soupçonne un membre de l'équipage d'être responsable de ces malveillances.
 

Gar enlève le docteur et le force à travailler dans un hôpital où les patients reçoivent des soins en fonction de leur statut social. L'équipage du capitaine Janeway part à sa recherche.
 

Un hologramme du docteur Reginald Barclay apparaît à bord du Voyager. Il annonce à l'équipage que la Fédération a trouvé un moyen de créer un passage qui ramènera le vaisseau sur Terre. Le capitaine Janeway et le docteur estiment que ce procédé comporte trop de risques pour être tenté.
 

A bord du Delta Flyer, le docteur, Kim et Seven of Nine sont attaqués par un navire Lokkirim, qui les accuse de transporter un hologramme, un crime aux yeux de leur législation. Afin de le préserver, Seven cache le programme holographique du docteur dans ses circuits.
 

A bord du Delta Flyer Harry, Kim, Seven of Nine et Neelix, sont à la recherche de dilithium pour réparer l'USS Voyager endommagé. Ils reçoivent soudain un appel de détresse d'un vaisseau Kraylor. Un navire Annari, peuple ennemi des Kraylor, leur intime de ne pas leur porter secours mais ils décident d'ignorer cet ordre.
 

Une race supérieure d'hologrammes est née des manipulations des Hirogens et s'est rebellée contre ses créateurs. Le capitaine Janeway et ses hommes s'allient aux Hirogens quand les hologrammes enlèvent le Docteur.
 

Une race supérieure d'hologrammes est née des manipulations des Hirogens et s'est rebellée contre ses créateurs. Le capitaine Janeway et ses hommes s'allient aux Hirogens quand les hologrammes enlèvent le Docteur.
 

L'USS Voyager est frappé par des vagues de distorsion temporelle qui le font voyager dans le temps. Seul Chakotay est immunisé contre le phénomène. Il met cette capacité à profit en aidant l'équipage à revenir dans le présent.
 

Torres ne se sent pas bien. Le docteur l'examine et lui apprend qu'elle est enceinte et que l'apparence de l'enfant est majoritairement klingon. Torres se souvient alors des brimades subies dans son enfance dues à sa propre apparence klingon.
 

L'USS Voyager vient en aide à un vaisseau Nygean en perdition, qui transporte des prisonniers Benkarans. Neelix comprend rapidement que le seul tort des prisonniers est d'être d'une autre race que celle de leurs geôliers. Il fait part de cette découverte à Paris et Torres.
 

Un vaisseau Klingon entre en contact avec l'USS Voyager. Le capitaine Kohlar, invité à monter à bord par le capitaine Janeway, y rencontre Torres. Il est alors persuadé que l'enfant que porte cette dernière est celui annoncé dans une ancienne prophétie Klingon.
 

L'USS Voyager est happé dans un vide spatial. A l'intérieur de cette zone, des vaisseaux se livrent une guerre sans merci pour récupérer vivres et énergie. Le capitaine Janeway et son équipage entrent dans cette course à la survie tout en cherchant un moyen de s'évader.
 

De retour de mission, Chakotay, Kim et Neelix découvrent l'USS Voyager totalement déserté à l'exception du docteur. Celui-ci leur explique que l'équipage est tombé dans un piège et a été capturé. Il se trouve actuellement sur la planète Quarra et n'a plus de souvenir de son passé.
 

Sur la planète Quarra, Chakotay tente de faire recouvrir la mémoire aux membres de l'USS Voyager, mais il est à son tour capturé et subit un lavage de cerveau.
 

Seven of Nine passe de plus en plus de temps à perfectionner ses connaissances sur les humains. Obsédée par sa vie holographique, elle néglige le vaisseau en grand danger.
 

Q confie son fils Q2 aux bons soins du capitaine Janeway. Il espère que celle-ci parviendra à le discipliner. Mais Q2, rebelle dans l'âme, multiplie les provocations et met l'équipage dans de délicates situations.
 

Le docteur de l'USS Voyager a décidé de publier un holo-roman racontant le calvaire d'un docteur dans un navire perdu dans l'espace. Le reste de l'équipage voit d'un mauvais œil son interprétation de leur vie quotidienne.
 

L'USS Voyager a pour mission de retrouver une sonde lancée par les Terriens au 21è siècle. L'équipage la localise sur une planète et est frappé par ses effets dévastateurs sur la population locale.
 

Chakotay et Seven of Nine s'écrasent sur une planète primitive. Ils font la connaissance des peuples qui l'habitent, les Ventu. L'USS Voyager ne peut leur venir en aide car une barrière d'énergie l'empêche de se poser.
 

L'USS Voyager entre en contact avec des Talaxian en conflit avec une colonie minière. Neelix hésite à rejoindre définitivement son peuple ou rester à bord du vaisseau.
 

A bord du Delta Flyer, Janeway et le docteur sont attaqués par des aliens. Le capitaine est capturé. Le docteur, s'il veut la revoir vivante, va devoir se plier aux ordres des extra-terrestres et prendre l'apparence de divers membres du Voyager.
 

Voila dix ans que l'USS Voyager est rentré sur Terre. Pour célébrer l'événement, une fête est organisée. L'amiral Janeway retrouve ses anciens collègues puis s'éclipse. Elle prépare une nouvelle mission qui pourrait remettre en cause tout leur périple passé. L'amiral Janeway est partie dans le passé. Elle se retrouve dans l'USS Voyager et explique au jeune capitaine Janeway quel destin attend l'équipage. Elle se propose de l'aider, mais la reine Borg intercepte leur conversation.