Benjamin Sisko perd sa femme à la suite d'une attaque borg (dont Jean-Luc Picard fait alors partie). Trois ans plus tard, il prend le commandement de la station bajorane Deep Space Nine (DS9), anciennement Terok Nor, récemment abandonnée par l'Empire cardassien. Il découvre un vortex, permettant de passer du quadrant alpha au quadrant gamma, habité par des êtres intemporels, appelés les Prophètes, que vénèrent les Bajorans. Cette découverte donne alors une grande importance stratégique et économique à la station. Entrant en contact avec ces êtres intemporels, Sisko cherche à leur expliquer la notion de temps linéaire, mais revit sans cesse dans le vortex l'instant de la mort de sa femme, d'une manière non-linéaire, comme le remarquent les entités.

Suite à une réunion d'anciens membres de la résistance bajorane, le major Kira Nerys doit choisir son camp entre son peuple et ses fonctions d'officier de liaison avec la Fédération.

Odo, chef de la sécurité de la station Deep Space Nine, est soupçonné de meurtre après la découverte du cadavre d'un Bajoran.

Une maladie provoque une aphasie chez les malades qui ne sont plus capables de communiquer qu'en gibberish. Les victimes tombent ensuite dans le coma et meurent.

Un extraterrestre arrive avec un vaisseau endommagé sur la station Deep Space Nine, et il est donc le premier visiteur du quadrant Gamma. Il reste cependant très mystérieux et le personnel de Starfleet se demande s'il a affaire à un ami ou un ennemi.

Une navette en difficulté se présente sur DS9, amenant à son bord une ancienne connaissance du Capitaine Jean-Luc Picard, Virad, et annonçant le retour de l'entité Q.

Le Lt Jadzia Dax fait l'objet d'une tentative d'enlèvement qui va faire ressortir son passé en tant que Curzon Dax.

De retour d'une mission dans l'espace, le major Kira Nerys et le docteur Julian Bashir tentent de sauver un vaisseau spatial en perdition. Hélas ils ne peuvent sauver qu'une femme car les 2 autres passagers sont morts. Pourtant la femme affirme que l'un d'eux est un criminel qui peut vaincre la mort. Plus tard sur la station Deep Space Nine, les événements semblent lui donner raison.

La première délégation officielle vient dans le quadrant Alpha et le seul désir qu'ils ont est de jouer. Sisko les emmène donc chez Quark, mais celui-ci essaye de tricher. Les gens du quadrant Gamma décident alors de défier Quark à un jeu de chez eux. Bien qu'en apparence innocent, ce jeu s'avère beaucoup plus complexe que prévu. Dans le même temps, Odo s'inquiète de la disparition de tous les officiers supérieurs de Deep Space Nine, qui ne semblent même plus être sur la station.

Le Nagus, dirigeant suprême des Ferengis vient sur la station pour y organiser une réunion avec d'autres notables Ferengis. À l'école, Nog n'est pas un bon élève et a une mauvaise influence sur Jake, ce qui est rapporté à Sisko, qui va chercher à les séparer. L'école ne faisant pas partie de la culture Ferengi, Quark est humilié devant le Nagus à cause de ça et décide que Nog n'y ira plus. Le Nagus décide de prendre se retraite et appointe Quark comme son remplaçant, créant une grande confusion chez les autres notables. Une lutte pour le pouvoir va s'engager, la vie de Quark ne tient plus qu'à un fil.

Une tentative de vol sur la station dégénère et un homme est tué. Son frère demande vengeance contre l'assassin, Croden. Croden vient de la planète Rakhar, dans le quadrant Gamma, avec laquelle la Fédération n'a jamais eu de contact auparavant. Sisko prend contact avec la planète où il s'avère que l'homme est recherché : il est un ennemi du peuple. Sisko décide de renoncer à poursuivre Croden pour l'homicide et de l'expulser vers Rakhar, où un châtiment sévère lui sera délivré pour ses autres "crimes". Cet abandon des poursuites va déclencher la colère du frère de la victime. Pendant ce temps, Odo découvre que Croden connaît un endroit où se trouve d'autres de son espèce (des métamorphes), mais Croden doit être renvoyé vers Rakhar, sans pouvoir indiquer cet endroit à Odo. Odo escorte le prisonnier, mais le frère de la victime le poursuit.

Le Kai, dignitaire Bajoran rend visite à la station, et insiste pour visiter le vortex. Sisko, Kira et le docteur Bashir l'accompagnent, mais une fois de l'autre côté, ils reçoivent un signal en provenance d'un des corps du plus proche système. Le Kai évoque une prophétie et insiste pour que Sisko aille inspecter le signal. Un système de défense leur tire dessus et ils se crashent sur un satellite. Le Kai décède dans le crash, ils sont capturés par un groupe de locaux. Ils s'avèrent qu'ils sont dans un satellite pénitentiaire, où deux groupes, les Ennis et les No-Ennis ont été exilés. Ennemis jurés ils sont en guerre permanente. On découvre alors qu'une propriété bio-médicale de la planète fait ressusciter les morts, à commencer par le Kai. La guerre entre les deux peuples est éternelle, mais les victimes des combats ressuscitent sans cesse. Sisko offre de les téléporter hors du satellite dès que les secours arriveront, à condition qu'ils parviennent à faire la paix, et Shel-La, le chef des Ennis organise une rencontre avec le chef des Nol-Ennis.

Deux dignitaires bajorans arrivent sur la station pour un sommet arbitré par Sisko afin de résoudre un différend qui risque de dégénérer en guerre. Il s'agit de Varis Sul, belle jeune fille adolescente, tretrarque des Paqus, et de son homologue, représentant des Navots. Jake et surtout Nog la voient sur la promenade et en tombent amoureux ; ils l'emmènent faire les quatre cents coups dans la station entre deux réunions diplomatiques. Pendant ce temps, Bashir et O'Brien sont envoyés soigner une maladie qui risque de décimer un village. Mais il n'y a qu'un seul malade, le guide spirituel du village, le Sirah, seul capable de les protéger d'un monstre, le Dal'Rok, qui vient chaque année pendant les cinq nuits qui suivent la moisson. Lorsque le Dal'Rok arrive, nuage immatériel qui commence à détruire le village, le Sirah le repousse mais décède, après avoir désigné O'Brian comme son successeur. Ce dernier va devoir rester au village assumer sa nouvelle charge.

Les Bajorans s'apprêtent à prélever une quantité massive d'énergie géothermique d'un de leur satellites naturels (de classe M). La technologie utilisée libèrera dans l'atmosphère des gaz délétères mortels pour les humanoïdes. Tous les habitants ont été évacués, sauf un vieux fermier, Mullibok, et ses deux compagnons, qui ont fui l'occupation cardassienne pour venir s'installer sur cette terre vierge, qu'ils ont travaillé dur pour la rendre habitable. Mullibok refuse de partir et Kira reconnaît en lui la force de lutte qui l'animait lorsqu'elle combattait l'occupant, et ne parvient pas à se résoudre à l'exproprier par la force, mettant en péril sa carrière. Pendant ce temps là, une erreur de commande dans le bar laisse sur le bras de Quark 5000 unités d'une sauce cardassienne. Nog saisit l'opportunité : il en débarrasse son oncle et cherche à la vendre avec Jake. Malheureusement, personne ne veut rien lui acheter, et il doit les troquer contre un stock de 15000 verrous, qu'il va encore devoir troquer…

Les rêveries et fantasmes des occupants de DS9 deviennent réalité. Ca commence par un certain Rumpelstiltskin (nain tracassin), en passant par une copie de Dax amoureuse que Bashir a fantasmé pour lui. Puis, un problème technique survient, s'envenime et met la station en danger.

Lwaxana Troi rend visite à DS9, et entreprend qu'Odo tombe amoureux d'elle. L'ordinateur de la station fait montre d'un changement de personnalité, ce qui inquiète Moiles O'Brian.

Divers personnages de la station commencent à montrer des comportements inhabituels, et des tensions s'installent entre eux, au point que Kira, sous le contrôle d'une volonté parasite, entreprend une mutinerie avec une partie de l'équipage contre laquelle Sisko et ses proches se préparent.

Un Cardassien débarque sur DS9 et se fait remarquer par une maladie rare, caractéristique de telle planète utilisée comme camp de travail pendant la guerre, et qui le rend suspect d'être un criminel de guerre. Kira l'arrête, et enquête sur sa véritable identité.

Keiko, enseignante à l'école, se fait rappeler à l'ordre par une leader d'un groupe religieux orthodoxe bajoran, au motif que les réalités scientifiques qu'elle enseigne sont du blasphème au regard de la foi. Sisko la soutient, mais des mouvements d'humeurs secouent la station. En même temps, O'Brien et Odo enquêtent sur le décès d'un des officiers, lié à une affaire de sécurité.