Face au danger qui menace l'OSS, Gregorio relance l'Académie d'espionnage pour entraîner ses enfants et d'autres jeunes à contrer les plans odieux de Cortex d'Or.

Carmen et Juni doivent apprendre à supporter les rigueurs de la vie de l'Académie d'espionnage... ou se préparer à prendre la porte !

Voyant les abominables plans du SWAMP contrariés, Cortex d'Or engage le DJ fauteur de troubles Otto Tune pour attirer les Spy Kids hors de l'académie.

Ayant détecté une activité SWAMP, deux rivaux doivent mettre leurs différends de côté afin d'empêcher le reste de l'équipe de tomber dans un piège diabolique.

Les jeunes de l'équipe Mission Critique doivent prouver leur valeur quand un groupe rival au sein de l'académie menace de prendre leur place d'équipe vedette.

Quand les Spy Kids affrontent le Baron Visage, ils découvrent que son ex-élève est un traître devenu agent du SWAMP.

Gênée comme tout, Scorpion menace de quitter l'Académie d'espionnage quand son père Fegan Floop, star de la télévision, décide d'y enseigner.

Parfait Thêta, artiste de rue préféré de P.S.I., prend l'inventeur sous son aile et lui demande de l'aider à concevoir une nouvelle installation d'art industriel.

Les chefs d'équipe Carmen et Juni doivent réussir un examen difficile, faute de quoi, ils risqueront à nouveau l'expulsion de l'Académie d'espionnage.

Enfin soudés, les jeunes de l'équipe Mission Critique doivent réussir l'épreuve la plus complexe : détruire l'antre de Cortex d'Or une bonne fois pour toutes.