A Chicago Hope, l'un des plus grands hôpitaux du pays, le Dr Geiger doit effectuer une opération très difficile: séparer deux soeurs siamoises rattachées par l'abdomen. Le Dr Shutt doit opérer un patient souffrant d'une tumeur maligne au cerveau. Le Dr Thurmond quant à lui est interdit d'accès au bloc opératoire car son incompétence a failli coûter la vie d'un malade...

Geiger est menacé d'expulsion pour avoir implanté un coeur artificiel dans un cadavre sans en avoir informé personne. Shutt menace de poursuivre en justice la compagnie d'assurance d'une de ses patientes si elle ne lui donne pas l'autorisation d'être opérée à Chicago Hope...

Le chef du personnel de l'hôpital, Hackett, meurt d'un infarctus après avoir eu une relation sexuelle avec Angela. Thurmond réprimande un médecin qui a refusé de soigner une prostituée atteinte du SIDA. Un scandale éclate quand Geiger fait part de son intention de transplanter un mourant avec un coeur de babouin.

Un patient refuse de se faire soigner par Winslow à cause de sa couleur de peau. Une famille d'acrobates arrive à l'hôpital à la suite d'un accident mortel ayant eu lieu lors d'une performance. Geiger est arrêté pour avoir racolé une flic en civil.

Une femme refuse de faire don des organes de son nourrisson qui vient de mourir pour sauver la vie d'un autre bébé.

Une fusillade éclate aux urgences après que le membre d'un gang a ouvert le feu. Touché, ce dernier est amené en salle d'opération mais ne survit pas. Shutt avoue ne pas avoir entrepris tout ce qu'il pouvait pour le sauver. Un jeune garçon, touché lors de la fusillade présente une étrange paralysie des jambes...

Les relations entre Shutt et Antonovich deviennent plus intenses... Après des "retrouvailles passionnées" dans le bureau de Shutt, Antonovich s'effondre. Une analyse au scanner révèle alors qu'elle souffre de métastases au niveau du cerveau, et qu'elle ne peut plus être opérée. Shutt lui annonce alors qu'il ne lui reste plus longtemps à vivre... Pendant ce temps, le personnel de l'hôpital doit prendre des dispositions particulières, le temps de soigner Anthony Pelicanto, un truand qui est aussi le principal témoin dans une enquête du FBI. Geiger est chargé de l'opération...

Shutt ordonne à l'infirmière Maggie Atkisson d'augmenter fortement la dose de morphine dans la perfusion d'Antonovich. Mais, consciente qu'il s'agit d'une euthanasie, Atkisson refuse et en parle à Birch et Watters. Un comité d'éthique se forme alors pour analyser le cas, ouvrant ainsi le débat sur le délicat sujet de l'euthanasie, au sein du personnel de l'hôpital... Parallèlement, Geiger apprend avec mécontentement que le Dr. Geri Infante, une ravissante femme et ennemie de longue date, pourrait être nommée au poste de chef du service de chirurgie plastique. Il explique à Watters qu'Infante représente tout ce qu'il déteste chez un médecin. De son côté, celle-ci examine Juanita Pertierra, une jeune fille originaire du Honduras, âgée de 12 ans, qui présente une importante malformation au niveau du visage. Infante présente le cas aux médias, espérant ainsi pouvoir s'attirer une forte publicité...

Le Rabbin Ben Taubler arrive à l'hôpital, pour y subir une transplantation cardiaque. Camille et Shutt le connaissent bien, car c'est lui qui les a mariés. Le religieux, qui les reconnaît d'emblée, est déçu d'apprendre qu'ils ont divorcé. Nyland est flatté, bien qu'un peu inquiet, de se voir confier l'opération par Geiger. Lors de l'intervention, Camille laisse accidentellement tomber le précieux organe. Les médecins parviennent pourtant à le récupérer, et à l'implanter à Ben Taubler. Malheureusement, quelque temps plus tard, celui-ci décède d'un arrêt cardiaque...

Nyland et Geiger se mettent délibérément en quarantaine dans une salle d'opération, car un patient qu'ils viennent d'examiner présente tous les symptômes de l'Ebola, un virus contagieux et mortel. Camille, qui entretient ces derniers temps une relation avec Nyland, est également reléguée dans la même pièce, par mesure de précaution. La jeune femme est embarrassée que sa vie privée soit ainsi révélée au grand jour...

Un patient provoque catastrophe sur catastrophie. Il met les nerfs de Watters à l'épreuve. Camille pense avoir recours à la chirurgie esthétique pour séduire Shutt. Geiger interprète une chanson au spectacle de Noël de sa femme...

Un homme est accusé d'avoir injecté des stéroïdes à son fils qui rêve de devenir boxer professionnel. On découvre qu'Angela a détourné de l'argent de l'hôpital. Birch recherche un couple susceptible d'adopter le bébé d'une jeune fille de 15 ans...

La carrière d'un flûtiste est compromise lorsqu'un aliéné lui mord et lui avale l'un de ses doigts. Le docteur Billy Kronk sauve la vie d'un joueur de hockey, blessé au coeur lors d'un match. Godfrey Nabbot, un ancien patient, intente un procès à l'hôpital pour avoir subi un traumatisme émotionnel lors de son séjour à Chicago Hope...

Geiger est déconcerté lorsqu'il apprend que Gilbert Weeks, un malade mental souffrant d'un complexe très particulier, demande son amie Laurie en mariage. Il est d'autant plus incrédule lorsque Laurie accepte, demandant le divorce à son premier mari... Le docteur Dennis Hancock, un médecin exerçant dans un quartier défavorisé, demande l'avis de Kronk au sujet de Tamara Parnett, une patiente de dix-sept ans présentant un kyste au sein. Bien que la jeune femme ne soit pas couverte par la sécurité sociale, Kronk prescrit une mammographie. L'examen révèle que Tamara a un cancer...

Les médecins informent Michael Fitzpatrick, qui attend désespérément un donneur pour subir une transplantation cardiaque, qu'un autre patient va être opéré dans la journée d'une intervention similaire. Furieux à l'idée que Michael n'ait plus qu'un mois à vivre s'il n'est pas opéré, Kevin, son frère, s'en prend à Nyland. C'est alors que l'officier de police Dominik Hasek arrive aux urgences avec son partenaire, grièvement blessé. L'arme du policier tombe sur le sol et, profitant de la confusion, Kevin s'en empare discrètement. Il prend Birch en otage et demande à être conduit à la salle d'opération, où la transplantation cardiaque est en cours.

Des auxiliaires médicaux amènent Brian Concannon, âgé de 12 ans, au service des urgences de l'hôpital. Ils expliquent aux médecins que Brian est passé à travers la glace tandis qu'il patinait, et est resté immergé pendant trois heures. Malgré son état alarmant, Kronk et Geiger pensent que le garçon survivra, car son hypothermie a permis de protéger son coeur et son cerveau... Pendant ce temps, le docteur Hancock offre à Charles Ellis, un sidéen en phase terminale, de se livrer à des examens faisant partie d'un programme d'expérimentation de la maladie, financé par l'hôpital.

Les médecins assistent, effarés, à l'arrivée d'un patient blessé par une baguette de métal, qui est restée plantée dans sa tête. Une explosion a eu lieu au pressing où le pauvre homme travaille, projetant ainsi des débris d'objets métalliques à travers les airs. A Shutt de pratiquer la délicate intervention pour lui retirer la barre du crâne... Kronk s'occupe de Bagley, un patient qui a des difficultés respiratoires. Tandis qu'il examine sa gorge, il y découvre une touffe de cheveux, qu'il retire à l'aide d'une pince.

Un patient subit deux opérations en même temps. Kronk découvre que sa petite amie était en fait un homme. Saunders se bat contre un groupe de soins sanitaires qui menace de lui voler sa clientèle.

Kronk ampute un homme de sa jambe à l'aide d'une tronçonneuse. Une femme recherche un foetus avorté pour que l'on injecte du tissu foetal à son mari atteint de la maladie de Parkinson. Une ancienne maîtresse de Nyland est malade. Ce dernier tente d'établir un diagnostic.

La panique s'empare de Chicago Hope lorsque trois patients meurent d'infections post-opératoires. A la suite de ces décès, un inspecteur sanitaire menace de fermer l'hôpital malgré les objections du Dr Watters. Il serait question d'un mystérieux virus.

Shutt et Birch constatent, déconcertés, que Geiger a transformé son bureau en vitrine pour trains miniatures. Malgré la présence d'autres médecins dans la pièce, Infante pose à Geiger des questions intimes sur leur relation. Ce dernier, serrant la main de Shutt, est incapable d'y répondre... Parallèlement, Charles Ellis, un patient en phase terminale du sida, arrive à l'hôpital, en proie à des douleurs abdominales insoutenables.

Le conseil de l'ordre des médecins interdit à Geiger de pratiquer la médecine jusqu'à nouvel ordre, suite à un dossier accablant rédigé par le docteur Joseph. Le médecin est abasourdi par la nouvelle, tandis que Birch, Watters et Shutt lui promettent de faire tout ce qui est en leur pouvoir pour faire lever la sanction.