Une nuit, Yasaka Mahiro est attaqué par un mystérieux monstre. Au moment où il a besoin d'aide, une jeune fille aux cheveux argentés et aux yeux verts apparaît. "Je suis le chaos qui s'approche toujours de toi avec un sourire, Nyarlathotep. Se présentant comme la divinité du mythe de Cthulu, elle prétend être venue pour protéger Mahiro. Cependant, elle pousse Mahiro à quitter son domicile, fait du shopping dans des magasins d'anime et, en général, mêle les affaires à ses affaires personnelles. Pendant ce temps, ils sont attaqués par un autre monstre mystérieux. Pourquoi ces monstres continuent-ils d'attaquer Mahiro ?

Un autre jour, une autre attaque des mystérieux monstres Nightgaunt, et une autre victoire retentissante pour Nyarko et son Space CQC. Plutôt que d'attendre que les monstres attaquent, Nyarko annonce son plan pour passer à l'offensive. Afin d'éliminer tous leurs ennemis en même temps, Nyarko et Mahiro se rendent à la vente aux enchères souterraine organisée dans la base de leurs ennemis, R'lyeh. Mais ils se retrouvent face à un assassin, l'ennemi juré de Nyarlathotep, Cthuga la Flamme vivante.

Quelqu'un a tué les dieux des Terres du Rêve, et leur prochaine cible est Nyarko. Pendant ce temps, Nyarko s'installe chez les Yasaka et commence à s'immiscer dans la vie quotidienne et scolaire de Mahiro. La colère de Mahiro ne cesse de croître alors que Nyarko réclame son affection. Kuko apparaît à nouveau devant eux lorsqu'elle est transférée dans leur école. Ayant rejoint l'Organisation de défense planétaire, Kuko a été chargée de se rendre sur Terre pour élucider les meurtres des Terres de rêve avec Nyarko.

Les parents de Mahiro reviennent soudainement de leur voyage à l'étranger, ce qui ne laisse pas le temps aux deux aliens de trouver une excuse pour vivre dans leur maison, et laisse Mahiro dans l'embarras. Dès que Yoriko entend le nom de Nyarlathotep, elle se lance dans la bataille avec une fourchette dans chaque main. Qui aurait cru que la mère de Mahiro était une chasseuse de divinités ? Quel incroyable secret ! Mahiro tente de calmer Yoriko, mais dans le tumulte, Noriko découvre Shanta-kun...

Yoriko, la mère de Mahiro, est kidnappée par une mystérieuse femme dans un but inconnu. Kuko est également victime d'un chantage pour l'aider. Mahiro, Nyaruko et Hasuta se rendent à nouveau à R'lyeh pour les sauver. Au cours des événements, Mahiro et Hasuta vivent une série de moments gênants.

Mahiro découvre que sa mère a été kidnappée pour son expertise des consoles de jeux, mais la situation est plus compliquée qu'il n'y paraît. La bande se rend ensuite à la plage et aux sources thermales où Nyaruko tente à nouveau de séduire Mahiro.

Mahiro blesse Nyaruko en lui disant qu'il ne l'aime pas. Yoriko lui a demandé de sortir avec Nyaruko pour lui remonter le moral.

Alors que Mahiro trouve une curieuse console de jeu portable dans un magasin de jeux d'occasion, il se retrouve piégé dans une simulation de rencontre maudite, où il est le protagoniste et où tous les autres jouent des rôles étranges. Pour s'en sortir, il doit parvenir à une bonne fin avec l'un des autres.

Mahiro et Nyaruko ont accidentellement échangé leurs corps par un représentant de Dreamland.

Un ennemi du futur tente de détruire la Terre, Nyaruko et les autres doivent combattre l'ennemi dans leur situation « certaine ».

Yoriko a déposé une riche déesse perdue chez Mahiro, ce qui cause des problèmes à Nyaruko et aux autres.

Mahiro est piégé dans une boucle temporelle et il semble n'y avoir personne autour de lui. On découvre alors que ses partenaires sont piégés dans un miroir et que Mahiro est pétrifié par Lloigor, qui se révèle être diabolique. La bande doit trouver un moyen de vaincre Lloigor une fois pour toutes.