Le 15 juillet 1995, Angela Arruti, jeune pilote à bord du porte-avions USS Seahawk disparaît en mer. S'agit-il d'un meurtre ou d'un suicide ? Les lieutenants Kate Pike et Harmon Rabb Junior du JAG sont dépêchés sur place pour enquêter...

Au cours de son enquête sur la mort d'Angela Arutti, le lieutenant Harmon Rabb se heurte à un mur de silence. Il rencontre le journaliste qui était chargé d'accompagner l'équipage en Bosnie. Ce dernier menace de faire des révélations sous 24 heures...

Une nouvelle équipière, le lieutenant Meg Austin, et une nouvelle affaire pour Harm. Le sous-marin américain USS Tigershark a été chargé de tester une nouvelle sorte de torpille capable de suivre une cible avant de la couler. Pour ces tests, Dirk Grover, un génie de l’informatique, embarque à bord du Tigershark, mais rien ne se passe comme prévu. La torpille disparaît à cause de Grover qui la redirige vers un bateau de croisière et menace de le détruire si les autorités ne lui remettent pas une rançon de 40 millions de dollars.

Pendant une manœuvre toute une section est tuée par un tir d’artillerie trop court. Le lieutenant Williams, qui a indiqué les positions à bombarder, est le fils d’un homme important. Celui-ci est persuadé que son fils est coupable. Mais selon des bandes enregistrées les coordonnées données par Williams étaient justes. Il prétend avoir voulu protéger un camarade qui serait en fait le vrai fautif.

Pendant une soirée Harm rencontre une jeune femme prénommée Angélique, qui est la femme de l’ambassadeur de Thaïlande. Cette personne lui rappelle une jeune Thaï qu’il avait rencontrée pendant ses jeunes années quand il recherchait son père disparu.

Pendant un vol d'essai, le lieutenant Pendry, ami de Harm, meurt dans un accident avec son Tomcat. Harm et Meg doivent découvrir si l'accident est dû à une erreur du pilote ou à un dysfonctionnement du nouveau système de pilotage...

Un adolescent est abattu par un marine sur le mur de l'ambassade américaine au Pérou. Les représentants du JAG doivent découvrir la vérité alors que la famille de la jeune victime crie au meurtre d'enfant innocent. Le marine responsable s'avère être le petit ami de la sœur de la victime et il se trouve que la jeune fille est enceinte...

Meg et Harm retrouvent Kate sur une base d’armement pour enquêter sur un soldat arrêté pour vol d’armes. Ce dernier réussit à s’évader avec deux autres prisonniers en prenant Meg en otage. Harm et Kate se lancent à la poursuite des fugitifs sans l’accord de leurs supérieurs.

Deux soldats américains sont arrêtés à l'intérieur de la frontière irakienne. L'un des deux est tué. Harm et Meg sont chargés de la défense de l'autre soldat, qui est emprisonné. Sur place, ils espèrent trouver de l'aide auprès d'un allié, « Cimeterre »...

Une marine meurt dans un camp d'entraînement. Meg se fait passer pour une recrue afin de découvrir qui est l'assassin pendant que Harm enquête à découvert pour le JAG. Les principaux suspects sont les sergents instructeurs Carrington et Gonzales, jusqu'à ce que Meg découvre une coupure de presse révélatrice...

Une jeune enfant est enlevée dans de mystérieuses circonstances à proximité d'une base aérienne désaffectée. Son oncle J.D. ne croit pas à l'implication d'une force extra-terrestre, théorie très prisée dans la région. Meg et Harm se rendent sur la base et y trouvent la petite fille...

Un jeune major noir est retrouvé dans le coma sur une plage d'exercices. Devant Harm et Meg venus enquêter, la jeune médecin accuse le capitaine qui commande le bataillon d'être trop violent avec ses recrues noires. Il s'avère que le capitaine est lui-même noir...

Pendant une mission au-dessus de la Bosnie, un F-16 a des problèmes et l'équipage doit s'éjecter. Un hélicoptère serbe leur tire dessus. Pour les protéger, le capitaine Boone abat l'hélicoptère serbe au milieu d'une zone de cessez-le-feu. La cour martiale l'accuse d'avoir agi par esprit de revanche et d'avoir violé un cessez-le-feu. Harm, qui vient d'être promu capitaine de corvette, est chargé de défendre Tom Boone...

Un Tomcat américain est frappé par la foudre lors d'un orage. Cet avion, avec à son bord un logiciel classé top secret, doit effectuer un atterrissage d'urgence à Cuba. Harm, Meg, le capitaine de frégate Krennick, accompagnés du sous-secrétaire d’État, sont chargés de négocier le retour du pilote et de son appareil et d'empêcher que les Cubains mettent la main sur le logiciel. Mais Harm découvre rapidement que le but de la CIA est tout autre...

Un espion s'introduit dans un bureau du Pentagone pour voler l'itinéraire que devrait suivre un mystérieux Shepard. Mais il envoie le fax par erreur au bureau de Meg. Se rendant compte de son erreur, il va le récupérer et tire sur Meg, sous les yeux du capitaine Krennick. Meg est dans le coma et Harm apprend que Shepard est en fait le nom de code de Eltsine.

Parce que son supérieur ne respecte pas l'accord conclu avec son prédécesseur et parce qu'on lui refuse le droit de s'exprimer, un tireur d'élite entraîneur des marines tire sur son colonel qui veut l'envoyer en Bosnie. Harm et Meg sont chargés de l'instruction.

En sautant en parachute au-dessus des Caraïbes, le lieutenant Doug Murdock se noie dans l'océan. Les membres de l'équipe commencent par mentir à Harm et Meg, puis révèlent qu'il s'agissait d'une mission ultra-secrète....

Un colonel des marines enlève son fils, dont il n'a pas la garde. Psychologiquement ébranlé par le sentiment d'avoir abandonné un camarade au Vietnam, il se persuade que son fils est la réincarnation de ce soldat...

Le pilote d'une navette spatiale trouve la mort au cours d'un exercice. Le câble d'une nacelle a été sectionné. Harm soupçonne le remplaçant du pilote d'être à l'origine du sabotage...

Harm est enlevé par les autorités chinoises, qui veulent l'interroger sur une éventuelle intervention des États-Unis en cas d'invasion de Matsu et Quemoy...

Harm enquête sur la mort d'un officier de la Navy qui était chargé du programme ARES, un logiciel de défense. Il est aidé par Kate et le capitaine Brockman. Lorsque le système ARES se révèle défaillant et prend possession des commandes du destroyer, Meg est appelée à la rescousse...

Une jeune lieutenant qui sert à bord du Seahawk est retrouvée assassinée au lendemain d'une permission. L'inspecteur Turkey est chargé de l'affaire aux côtés du JAG. Krennick, Meg et Harm mènent l'enquête.